In der Zeit des zweiten Kreuzzuges nach Jerusalem, im Jahre 1147, gehen die sächsischen Feudalherren Albrecht der Bär und Heinrich der Löwe nach Osten (Wendenkreuzzug) bis nach Stettin. Am 11.6.1157 gründet Albrecht der Bär die Mark Brandenburg. Jetzt war unser Gebiet vollends ein Teil des Römisch-Deutschen Kaiserreiches.
Um 1207 läßt sich Albrecht II. auf dem heutigen Albrechtsberg in Oderberg eine feste Burg "Albrechtsburg" erbauen. Danach wurde die Burg auch Oderburg genannt. In dieser Zeit müssen auf einer Insel gegenüber der Burg noch die Mauern einer Festung existiert haben, die Albrecht der Bär im Krieg gegen die Pommern errichten ließ. 1213 begann Albrecht II. seinen Feldzug gegen die Pommern. Die Oderburg brannte 1214 ab, wurde jedoch im Jahr darauf wieder aufgebaut.
Um 1230 beginnt hier der Aufbau geistlicher Stützpunkte. Im Jahre 1231 überlassen Johann I. und Otto III. dem Priester Dietrich und seinen geistlichen Brüdern das Dorf Barsdyn bei Oderberg zur Stiftung eines Klosters. Als Zeuge wird der markgräfliche Vogt, Gerhard von Oderberg, genannt. 1250 beginnt der Aufbau der Oderberger Kirche. Wenige Jahre später verschwindet das Oderberger Kloster "Gottesstadt" (civitas dei) und die Zisterzienser erhalten von den Markgrafen den Auftrag, auf der im Parsteiner See gelegenen Ziegeninsel ein neues Kloster "Mariensee" zu begründen. 1273 wurde aber bereits die Verlegung des Klosters nach Koryn (Chorin) beschlossen.
Die Geschichte der Stadt wird in den folgenden Jahrhunderten von seiner Lage an der Oder und den historischen Handelswegen (via regia - Oderberg/Berlin) bestimmt. Es war der Umschlagplatz für Waren aus Stettin (z.B. Heringen). In einer Urkunde von 1415 bestätigt Kurfürst Friedrich den Oderbergern, daß sie allein zwischen den Handelsstädten Frankfurt/O. und Stettin das Recht der Niederlage haben sollten - seit dieser Zeit nicht nur für stromaufwärtsfahrende Schiffe, sondern auch für stromabwärtsfahrende. Oderberg war ebenfalls Zollstation und damit eine lukrative Einnahmequelle für die Landesherren. Durch das Fuhrwesen und die darum entstehenden anderen Erwerbszweige (Gaststätten, Wagenbauereien) blüte Oderberg auf. Es wurde neben Wriezen zum zweitgrößten Fischmarkt in der Kurmark.
Um 1600 entstand der Plan Oder und Havel durch einen Kanal zu verbinden; bevor der 30-jährige Krieg ausbrach, der wenig später Oderberg vernichten würde. 1634 verzichtete Oderberg auf das Niederlagsrecht.
Die Festung, die zu Beginn des Krieges auf Erlaß des Kurfürsten verstärkt wurde, hielt unter dem Hauptmann Baltthasar Kunitz 1637 und unter Hauptmann Fridirch August von Kötteritz 1639 den schwedischen Angriffen stand. Sie wurde niemals eingenommen - die Stadt Oderberg wurde dabei aber völlig zerstört. Erst 1645 begannen die ersten Leute damit, die Stadt Oderberg wieder aufzubauen. Die primitiven Häuser wurden als "Buden" bezeichnet. Aber schon 1670 brannte die halbe Stadt ab, 1672 die andere Hälfte. An beiden Feuern war ein Backofenbrand schuld.
Im Jahre 1736 gab es ein verheerendes Hochwasser, 1740 wurden die Oderberger Weinberge durch einen harten Winter vernichtet und schließlich wurde 1753 durch Friedrich II. der Große die Begradigung der Oder bis Hohensaaten vollendet (Baubeginn 1747). Der alte Oderlauf versandete und machte der Schiffahrt und der Fischerei das Leben schwer. Damit verfiel Oderberg vorerst zur Bedeutungslosigkeit.